neuroConstruct wordt ontwikkeld in het Silver Lab van de afdeling Neurowetenschappen, Fysiologie en Farmacologie van het UCL. neuroConstruct is ontworpen om de ontwikkeling van complexe netwerken van biologisch realistische neuronen te vereenvoudigen, d.w.z. modellen met dendritische morfologieën en realistische celmembraangeleidingen. Het wordt geïmplementeerd in Java en genereert scriptbestanden voor de NEURON- en GENESIS-simulatoren, met ondersteuning voor andere simulatieplatforms (waaronder PSICS, MOOSE en PyNN) in een vergevorderd stadium van ontwikkeling. Het maakt gebruik van de nieuwste NeuroML specificaties, waaronder MorphML, ChannelML en NetworkML. De ontwikkeling van deze software werd mogelijk gemaakt met financiering van de Wellcome Trust, de Medical Research Council en het EU Synapse Project. Enkele van de belangrijkste kenmerken van neuroConstruct zijn: * neuroConstruct kan importeren morfologie bestanden in GENESIS, NEURON, Neurolucida, SWC en MorphML formaat voor opname in eencellige of netwerkmodellen, of meer abstracte cellen kunnen ook handmatig worden gebouwd. * Creatie van netwerken van geleiding gebaseerde neuronen gepositioneerd in 3D * Complexe verbindingspatronen tussen celgroepen kunnen worden opgegeven voor de netwerken * Simulatie scripts kunnen worden gegenereerd voor NEURON, GENESIS, MOOSE, PSICS en PyNN gebaseerde simulatoren (let op: niet elk project kan worden gegenereerd voor elke simulator) * Biofysisch realistische cellulaire mechanismen (synapsen / kanaal mechanismen) kunnen worden geïmporteerd uit native script bestanden (*.mod of *.g) of gemaakt van sjablonen met behulp van ChannelML * Automatische generatie van code om simulatiegegevens en visualisatie/analyse van gegevens in neuroConstruct op te nemen * Opgenomen simulatieruns kunnen worden bekeken en beheerd via de Simulation Browser-interface * Een Python-gebaseerde scripting-interface kan worden gebruikt om het genereren en uitvoeren van modellen te beheren, waardoor meerdere simulaties kunnen worden uitgevoerd voor optimalisatie van cel- en netwerkmodellen
versiegeschiedenis
- Versie 1.6.0 geplaatst op 2012-08-23
Programmadetails
- Categorie: Onderwijs > Wetenschap
- Publisher: University College London
- Licentie: Gratis
- Prijs: N/A
- Versie: 1.6.0
- Platform: windows