Het SourceForge OpenRasMol project is een aanvulling op het RasMol en OpenrasMol project op http://rasmol.org. Het is te hopen dat het SourceForge OpenRasMol-project een geschikt brandpunt zal zijn voor actieve samenwerkingsbijdragen. RasMol Kenmerken: RasMol is een moleculair grafisch programma dat bedoeld is voor de visualisatie van eiwitten, nucleïnezuren en kleine moleculen. Het programma is gericht op het weergeven, onderwijzen en genereren van kwaliteitsbeelden van de publicatiekwaliteit. RasMol draait op een breed scala aan architecturen en besturingssystemen, waaronder Microsoft Windows, Apple Macintosh, UNIX en VMS-systemen. UNIX- en VMS-versies vereisen een X Windows-display met 8, 24 of 32 bits (X11R4 of hoger). De X Windows-versie van RasMol biedt optionele ondersteuning voor een hardware-wijzerplatendoos en versnelde gedeelde geheugencommunicatie (via de XInput- en MIT-SHM-extensies) indien beschikbaar op de huidige X-server. Het programma leest in een molecuul coördineren bestand en interactief toont het molecuul op het scherm in een verscheidenheid van kleurenschema's en molecuul representaties. Momenteel beschikbare voorstellingen omvatten diepte-cued wireframes, 'Dreiding' sticks, spacefilling (CPK) bollen, bal en stok, vaste en streng biomoleculaire linten, atoomlabels en punt oppervlakken. De X Windows-versie van RasMol biedt optionele ondersteuning voor een hardware-wijzerplatendoos en versnelde gedeelde geheugencommunicatie (via de XInput- en MIT-SHM-extensies) indien beschikbaar op de huidige X-server. Het programma leest in moleculaire coördinatenbestanden en toont interactief het molecuul op het scherm in verschillende voorstellingen en kleurenschema's. Ondersteunde invoerbestandsformaten zijn onder andere Protein Data Bank (PDB), Tripos Associates' Alchemy en Sybyl Mol2 formaten, Molecular Design Limited's (MDL) Mol bestandsindeling, Minnesota Supercomputer Center (MSC) XYZ (XMol) formaat, CHARMm formaat, CIF formaat en mmCIF formaat bestanden. Als verbindingsgegevens niet in het bestand zijn opgenomen, wordt dit automatisch berekend. Het geladen molecuul kan worden weergegeven als wireframebindingen, cilinder 'Dreiding' stickbindingen, alfa-koolstoftracering, ruimtevullende (CPK) bollen, macromoleculaire linten (ofwel gladde in de schaduw zittende vaste linten of parallelle strengen), waterstofbinding en puntoppervlakterepresentaties. Atomen kunnen ook worden geëtiketteerd met willekeurige teksttekenreeksen. Alternatieve conformeerders en meerdere NMR-modellen kunnen speciaal worden gekleurd en geïdentificeerd in atoomlabels. Verschillende delen van het molecuul kunnen onafhankelijk van de rest van het molecuul worden weergegeven en gekleurd of in verschillende voorstellingen tegelijk worden weergegeven. Het weergegeven molecuul kan interactief worden gedraaid, vertaald, ingezoomd en met z-geknipt (slabbed) met behulp van de muis, de schuifbalken, de opdrachtregel of een bijgevoegde keuzelijst. RasMol kan een voorbereide lijst met opdrachten lezen uit een 'script'-bestand (of via interprocescommunicatie) om een bepaalde afbeelding of gezichtspunt snel te kunnen herstellen. RasMol kan ook een scriptbestand maken met de opdrachten die nodig zijn om de huidige afbeelding te regenereren. Ten slotte kan de gerenderde afbeelding worden uitgeschreven in verschillende indelingen, waaronder raster of vector PostScript, GIF, PPM, BMP, PICT, Sun rasterfile of als een MolScript-invoerscript of Kinemage. De RasMol-hulpfaciliteit is toegankelijk door "help" of "help" te typen
versiegeschiedenis
- Versie RasMol_2.7.5 geplaatst op 2010-12-15
Verschillende oplossingen en updates - Versie RasMol_2.7.5 geplaatst op 2010-12-15
Programmadetails
- Categorie: Onderwijs > Andere
- Publisher: www.rasmol.org
- Licentie: Gratis
- Prijs: N/A
- Versie: 2.7.5
- Platform: linux